Órgão superior executivo, à Reitoria compete dirigir, administrar, planejar, coordenar e fiscalizar as atividades da Universidade. Funciona no campus central, em Natal, e é constituída pelo Gabinete da Reitora, pró-reitorias, superintendências, unidades descentralizadas, secretarias e assessorias.
A gestão dos professores José Daniel Diniz Melo (Reitor) e Henio Ferreira de Miranda (Vice-Reitor) começou no dia 28 de maio de 2019 e constitui o 16º reitorado entre os 14 reitores que conduziram a instituição. Escolhida por meio de consulta pública à comunidade universitária, a gestão age conforme os princípios da administração pública federal e tem como compromisso o cumprimento da missão institucional.
José Daniel Diniz Melo é doutor em Engenharia Mecânica pela Colorado State University (2002), mestre em Engenharia Mecânica pela University of Maine (1993), graduado em Engenharia Mecânica (1990) e em Engenharia Civil (1997) pela Universidade Federal do Rio Grande do Norte. Foi pesquisador visitante no Department of Aeronautics and Astronautics da Stanford University de 2008 a 2019. É Professor Titular do Departamento de Engenharia de Materiais.
Na UFRN, Daniel Diniz já desempenhou os cargos de chefe dos Departamentos de Engenharia Mecânica (2004-2006) e de Engenharia de Materiais (2006-2008 e 2010-2011) e Diretor do Centro de Tecnologia (2011-2015). Foi também vice-reitor da UFRN de 2015 a 2019. Assumiu em maio de 2019 o cargo de reitor para o período 2019-2023.
Graduado em Educação Física, Henio Ferreira de Miranda é professor titular do Departamento de Educação Física da Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN) desde 1978. Possui especialização em Ciências do Esporte pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) e doutorado em Ciências da Saúde pela UFRN. Atua como auditor de justiça desportiva do Superior Tribunal de Justiça Desportiva Universitária.
Entre os diversos cargos de gestão desempenhados em 40 anos de UFRN, foi vice-coordenador dos campi avançados, coordenador e chefe do Departamento de Educação Física, vice-diretor e diretor do Centro de Ciências da Saúde (CCS). Deixa a diretoria do CCS para assumir o cargo de vice-reitor para o período 2019-2023.